در لایه بیرونی و لایه درونی تخم غشاهایی محافظ وجود دارند که مانع از ورود عوامل میکروبی و بیماری زا به داخل تخم خواهند شد و شستن تخم ها با مواد ضد عفونی کننده راه ورود میکروب ها به داخل تخم را آزاد خواهد کرد و موجب فاسد شدن تخم خواهد شد.در داخل تخم شتر مرغ نیز همانند سایر تخم ها زرده ، سفیده ، شالاژ، نطفه و کیسه هوایی وجود دارد که زرده در قسمت مرکزی تخم جای دارد و نطفه بر روی آن قرار می گیرد. زرده حاوی مقادیر زیادی چربی، انواع ویتامین ها و مواد معدنی است که به مرور زمان توسط جنین تغذیه خواهد شد و باعث رشد و تکامل آن می شود.سفیده تخم که مایع سفید رنگی به نام آلبومین است از سه بخش تحت عنوان سفیده رقیق، سفیده غلیظ و سفیده رقیق داخلی تشکیل شده است. سفید مانع از خشک شدن زرده و جنین می شود، هم چنین سفیده تخم دارای خاصیت ضد میکروبی بوده و از نفوذ و رشد عوامل میکروبی به داخل تخم جلوگیری خواهد کرد.
شالاژ که در دو طرف زرده قرار دارد و آن را به دیواره های داخلی تخم متصل نموده است، مانع از لغزش زرده و چسبیدن آن به پوسته می شود. شالاژ وظیفه حفظ زرده در وسط تخم را دارد.در تخم شتر مرغ نیز مانند تخم هر پرنده دیگری در قسمت پهن، کیسه هوایی وجود دارد که در روزهای انتهایی جوجه از این هوا تنفس کرده و انرژی لازم برای بیرون از تخم را پیدا خواهد کرد. در صورتی که کیسه هوایی در اثر ضربه دچار پارگی شود، به مرور زمان باعث فاسد شدن سفیده و زرده خواهد شد، به همین دلیل اکثر پرورش دهنده های حرفه ای ، تخم های نطفه دار را با احتیاط حمل می کنند.